لذا، استقلال حكومت موروثي خاندان طاهر به صورت يك تحول اداري درآمد و شكل يك تجزيه و انفصال سياسي به خود نگرفت. حكومت طلحه هم در خراسان كه به نيابت از برادرش عبدالله بن طاهر منسوب شد، صورت اداري تحول را قابل توجيه ساخت. فرمانروايي طلحه كه شش سالي بيش نكشيد (وفات ربيع الاول 213 ه.ق.‌) صرف مبارزه با خوارج شد. در عين حال، مانند پدر همچنان خراج مقرر را به خليفه مي پرداخت. با اين كار، حكومت خود را از اينكه نوعي طغيان نسبت به فرمانروايي خلافت تلقي شود، حفظ كرد. در دوران  فرمانروايي برادرش، عبدالله بن طاهر (230-213 ه.ق.)، قدرت طاهريان به اوج اعتلاي خويش رسيد. بعد از وفات مامون (218 ه.ق) خليفه جديد " المعتصم بالله "هم، با آنكه به ظاهر از عبدلله دل خوشي نداشت، ابقاي او را در حكومت خراسان اجتناب ناپذير يافت. بدين گونه، استقلال طاهريان بعد از مامون نيز، بي تزلزل ماند .
عبدالله در تجهيز غزوه هاي اسلامي در ماورالنهر اهتمام كرد و در دفع اغتشاش مجدد خوارج كوشيد. همچنين، توفيقي كه در اطفاي شورش مازيار پيدا كرد (225 ه.ق.)‌ حيثيت او را در نزد متشرعه سني و خليفه بغداد فزوني داد. در خراسان به توسعه آباداني و ترويج كشاورزي علاقه نشان داد و به خصوص در حمايت از طبقات كشاورز در مقابل مالكان بزرگ و عمال دولت مساعي قابل ملاحظه اي به جاي آورد. حكومت پسرش، طاهرين عبدالله (‌ 248 –230 ه.ق.)، در بسط عدالت و حفظ امنيت گذشت. در پايان عهد او،‌
سيستان دچار اغتشاش شد و با اعتلاي يعقوب ليث، اين منطقه از قلمرو طاهريان جدا گشت (‌ 248 ه.ق. ). محمد بن طاهر كه بعد از او به امارت رسيد، ‌طبرستان را هم از دست داد (250 ه.ق.)‌ او چندي بعدبه وسيله يعقوب ليث، مغلوب و اسيرشد (‌259 ه.ق.) سرانجام با غلبه صفاريان بر خراسان، فروانروايي طاهريان پايان يافت .
با آنكه بعدها يك بار ديگر نيز حكومت خراسان چندي به او واگذار شد (271 ه.ق.)
‌ولي قدرت طاهريان ديگر در خراسان هرگز تجديد نشد. امارت طاهريان در خراسان اندكي بيش از نيم قرن طول كشيد. مركز فرمانروايي آنان ابتدا در مرو بود و سپس در نيشابور منتقل شد. از نامه اي كه طاهر بن حسين به پسرش عبدالله در باب آيين فروانروايي نوشت، مي توان مبناي نظري حكومت آنان را دريافت. اين متن در كتاب " بغداد " ابن طيفور وماخذ ديگر نقل شده است. همچنين از دستورالعمل بخشنامه گونه اي كه عبد الله بن طاهر به عمال خود در ولايتهاي تابع فرستاد، كه متن آن نيز در " زين الااخبار "  گرديزي آمده است اين امر دريافت مي شود .
البته لازم به يادآوري است كه در تمام قلمرو آنان با آنكه نام خليفه در خطبه و سكه آورده مي شد، حاكم واقعي امير طاهري بود و خليفه بغداد امكان و مجال اعمال قدرت در امور را نداشت .